La inițiativa lui Ormós Zsigmond, prefectul comitatului Timiș, se înființează Societatea de Istorie și Arheologie din Banat — primul pas spre constituirea unui muzeu istorico-arheologic în Timișoara.

Societatea primește două încăperi în Casa Wellauer, pe strada Lonovics (actuala Augustin Pacha), primul sediu stabil al muzeului.

Deschiderea oficială a Muzeului Banatului pentru public.

Muzeul se redeschide după reparații, cu colecții de arheologie, pinacotecă, științele naturii, bibliotecă și arhivă. În 1896 participă la Expoziția Universală de la Budapesta, câștigând o medalie de bronz.

Odată cu integrarea Banatului în statul român, muzeul intră într-o nouă perioadă. În ciuda lipsei de spațiu, colecțiile se îmbogățesc prin contribuția unor personalități precum Ioachim Miloia, Dionisie Linția și Constantin Daicoviciu. Al Doilea Război Mondial aduce pierderi semnificative din patrimoniu.

Muzeul se mută în Castelul Huniade, sediu care-i va găzdui colecțiile — Istorie, Științele Naturii, Artă, Etnografie — timp de peste jumătate de secol.

Muzeul Satului Bănățean devine instituție independentă. În 2006 i se alătură și Secția de Etnografie, iar Secția de Artă devine Muzeul de Artă Timișoara.

Ca urmare a lucrărilor de restaurare la Castelul Huniade (începute în 2006), expozițiile se mută în Bastionul Maria Theresia, unde funcționează și în prezent.

„Muzeul Traian Vuia”, deschis în localitatea cu același nume, este un punct muzeal dedicat marelui inventator bănățean Traian Vuia. Inaugurat la 25 aprilie 2012, muzeul cuprinde numeroase exponate, documente, fotografii și machete realizate după invențiile brevetate de Vuia. Punctul muzeal a fost realizat de Consiliul Județean Timiș și a intrat în administrarea Muzeului Banatului.

În primăvara anului 2016, printr-o hotărâre a Guvernului României, Muzeul Banatului din Timișoara a fost declarat muzeu de importanță națională, primind denumirea de Muzeul Național al Banatului.

În decembrie 2017 a fost înființat Compartimentul de Arte Vizuale. Colecțiile aflate în patrimoniul acestuia numără în prezent câteva mii de exponate, majoritatea bunurilor provenind din donații și achiziții. Tot în această perioadă, la Bastionul Maria Theresia a fost deschis „Muzeul Ștefan Popa Popa’s”, punct muzeal dedicat reputatului caricaturist timișorean.

În colaborare cu Asociația Reconstituiri Istorice Timișoara, la parterul Bastionului Maria Theresia a fost deschisă expoziția permanentă „Istoria militară a Banatului”. Expoziția se axează pe două perioade istorice importante pentru trecutul Timișoarei și al Banatului: războaiele austro-turce de la sfârșitul secolului al XVII-lea și începutul secolului al XVIII-lea, respectiv Primul Război Mondial.